▲ 蝌蚪的腸子
可達體長的9倍
當食物被眼球推擠進入口腔之後，就要開始進行一系列的消化作用了。其實蛙類的消化系統與人類的差不多，都有食道、胃、小腸、大腸……等，但當然還是有一些差異。例如：蛙類的口腔有開始有唾液腺分泌黏液來潤溼食物，但不像人類的唾液有消化功能；此外，蛙類的大腸粗短，下接泄殖腔，以單一的泄殖腔口通體外。泄殖腔是蛙類泌尿系統、消化系統及生殖的共同通道，意思就是說，無論是排遺、排泄或是產卵、排精，都是共同經過泄殖腔口來排出，這和人類有所不同。
雖然蛙類都有食道、胃、小腸及大腸等，但是由於分化不完全，不仔細看會以為是一根腸子通到底似的。蛙類主要的消化作用是在胃進行，胃液裡有鹽酸與胃蛋白脢來幫助消化。腸道的長度與食性有關：成蛙為肉食性，腸道比較短（約體長二倍）；而以素食為主的蝌蚪，其腸道就比較長（可達體長九倍）。
食物消化後，產生的能量一部份供身體代謝及活動所需，多餘的能量就轉變為肝醣及脂肪的形式來儲藏。當冬眠或夏眠時期，醣類逐漸消耗殆盡，即以體內所儲之脂肪來維持生命。雖然蛙類的脂肪組織不多，不過由於其基礎代謝率甚低，故所需的養份其實不多。蛙類的代謝速率與環境之溫度有關，溫度越低代謝也越慢，而一般在交配時期，牠的代謝速率會達到最高點。